مدیر مدرسه علمیه میرزا حسین اصفهانی در گفت‌وگو با خبرنگار مرکز خبر حوزه گفت: در این طرح پیشنهادی علاقه‌مندان به علوم دینی، مدت یک سال در دوره تمهیدی شرکت می‌کنند و در صورت کسب امتیاز وارد دوره عمومی سه ساله می شوند و پس از آن یک دوره نیمه تخصصی دو ساله به همراه یک سال کارورزی را می گذرانند و اگر به ادامه تحصیل تمایل داشته باشند، وارد دوره تخصصی و سپس فوق تخصصی اجتهاد می‌شوند.
حجت الاسلام میرزایی افزود: در این طرح تنوع رشته وجود دارد، به گونه ای که دوره کارورزی جهت ایجاد مهارت انجام می‌شود و ورود به هر مرحله، شرایط خاص خود را می طلبد.
وی ادامه داد: طلبه در قالب این طرح در راستای اهداف حوزه توانمند می‌شود، یعنی هم کار می‌کند و هم می تواند امرار معاش نماید و متکی به نظام اقتصادی فعلی حوزه نخواهند بود.
حجت الاسلام میرزایی به نظام آموزشی کنونی حوزه اشاره کرد و گفت: هم اکنون حوزه برای دارندگان مدارک سیکل، دیپلم و لیسانس یک نظام آموزشی واحد را تعریف کرده، در حالی که  باید برای هریک از این مقاطع نظام آموزشی خاص را تعریف نمود.
مدیر سابق طرح و برنامه حوزه علمیه اصفهان به اجرای طرح شناسایی نقاط ضعف و قوت سیستم آموزشی حوزه از سوی معاونت پژوهش این مدرسه اشاره کرد و گفت: در این طرح  نقاط ضعف و قوت به همراه 140 راهکار برگرفته از نقطه نظرات 70 نفر از اساتید و فضلای حوزه به دست آمد که می‌تواند در برنامه‌ریزی حوزه علمیه اصفهان موثر باشد.
وی تحول در حوزه را انکار ناپذیر دانست و خاطرنشان کرد: این طرح پیشنهادی در راستای تاکید مقام معظم رهبری مبنی بر تحقق تحول در حوزه تدوین شده و اگر حوزه ها نتوانند تحول را مدیریت کنند، به سمت انزوا سوق داده می شوند.
حجت الاسلام میرزایی در ادامه به پیشینه مدرسه علمیه میرزا حسین اشاره کرد و گفت:‌ این مدرسه با قدمتی بیش از 300 سال توسط یکی از بانوان خیّر اصفهانی وقف حوزه شده و موقوفات زیادی نیز دارد.
وی با بیان اینکه قدمت این مدرسه 3 قرن می باشد، اظهار داشت: مرحوم آیت الله العظمی بروجردی و شیخ حسن علی نخودکی از شخصیت‌های بنام مدرسه بوده اند.
حجت الاسلام میرزایی ادامه داد: یکی از حجره های مدرسه مخصوص شاه سلطان حسین صفوی بوده که در حال حاضر اداره میراث فرهنگی آن را تعمیر کرده است.
وی با بیان اینکه تا سه سال پیش، از این مدرسه به عنوان خوابگاه استفاده می شد، اظهار داشت: به همت مدیر حوزه علمیه اصفهان، مدرسه بازسازی  و به محیط آموزشی و خوابگاهی تبدیل می گردد.
مدیر مدرسه علمیه میرزا حسین با اشاره به شرایط پذیرش طلاب در این مدرسه، گفت: جذب طلاب در این مدرسه با مدرک تحصیلی حداقل فوق دیپلم صورت می گیرد و در حال حاضر 120 طلبه در سه پایه اول تا سوم زیر نظر 20 استاد مشغول به تحصیل هستند.
وی با بیان تفاوت های نظام آموزشی این مدرسه، اظهار داشت:‌ به دلیل آنکه تنها به دنبال تربیت مجتهد نیستیم بر آن شدیم که تغییراتی در نظام آموزشی ایجاد کرده تا بتوانیم در بخش های مختلف خروجی داشته باشیم.
حجت الاسلام میرزایی افزود: با اخذ مجوز از مدیر حوزه علمیه اصفهان، علاوه بر کلاس های ارائه شده از سوی معاونت آموزش، کلاس‌های جانبی نیز از قبیل درس تفسیر، اخلاق نظری ، متون عربی و فن ترجمه را برای کسب مهارت طلاب، برنامه‌ریزی و در دستور کار داریم.
وی به ارائه کتاب منطق با سبک و سیاق جدید از سوی معاونت پژوهش اشاره کرد و گفت: این کتاب که به تایید اساتید برجسته حوزه و معاونت های آموزشی و پژوهشی حوزه علمیه اصفهان رسیده، با ارائه تمرینات متعدد، منطق را برای طلاب به صورت مفهومی‌تر و کاربردی ارائه کرده است.
مدیر مدرسه علمیه میرزا حسین اصفهانی با بیان اینکه آیات و روایاتی که معمولاً‌ در اینگونه درس‌ها ارائه نمی شود در کتاب مذکور مورد استفاده قرار گرفته، که بخش اول آن چاپ و بخش دوم آن در دست چاپ می باشد.
حجت الاسلام میرزایی به ایجاد معاونت توسعه و تکامل فرهنگی در این مدرسه اشاره کرد و گفت: شناسایی وظایف حوزه در قبال نیاز جامعه و تغییر متون و برنامه ریزی دروس از محورهای فعالیت این معاونت محسوب می شود.
مدیر مدرسه علمیه میرزا حسین با تشریح فعالیت های فرهنگی مدرسه، گفت: تدریس اخلاق عملی و نظری توسط آیت الله رهبر یکی از شاگردان مرحوم آیت‌الله العظمی بهجت و آیت‌الله العظمی وحید خراسانی و تشکیل گروه‌های تواشیح و جزء خوانی قرآن از فعالیت‌های  معاونت فرهنگی می باشد.
وی با بیان اینکه یک پنجم طلاب این مدرسه را ممتازین تشکیل می دهند، افزود:‌ پایگاه مقاومت بسیج آیت‌الله طیب در کنار معاونت فرهنگی در زمینه های مختلف فعالیت می کند.
حجت الاسلام میرزایی در بخش دیگری از این گفت‌وگو اظهار داشت: کرسی‌های رسمی علم تفسیر، حقوق، اقتصاد و سیاست در اختیار دانشگاه هاست، این درحالی است که می بایست حوزه متولی این علوم باشد و معتقدم  باید برای خروج از وضعیت کنونی تلاش مضاعفی صورت گیرد.
وی ادامه داد: باید به سمت اسلامی کردن علوم انسانی در دانشگاه ها حرکت کنیم، از این رو جذب فارغ التحصیلان دانشگاهی را در دستور کار خود قرار دادیم.